Найдите границы частей
Сложноподчинённое предложение содержит главную и зависимую от неё придаточную часть. В каждой части есть своя грамматическая основа. От главной части или отдельного слова в ней можно поставить вопрос к придаточной. Связь выражают подчинительные союзы или союзные слова.
В предложении «Мы вернулись домой, когда начался дождь» основы — мы вернулись и дождь начался. От главной части спрашиваем: вернулись когда? Ответ даёт придаточная часть когда начался дождь. Запятая обозначает границу двух частей, а не просто место, где удобно сделать паузу.
Союз связывает части, но сам не является членом предложения. Союзное слово одновременно связывает части и выполняет роль члена придаточной части. В сочетании «дом, который построил мастер» слово который связано с существительным дом и является дополнением при сказуемом построил: мастер построил что? — который, то есть дом. Важно определять роль по смыслу, а не считать любой союз или союзное слово подлежащим.
Придаточная часть после главной
Если придаточная часть следует за главной, перед ней обычно ставится запятая: «Оля поняла, что поезд задерживается». Основы — Оля поняла и поезд задерживается. Придаточная отвечает на вопрос поняла что?
Союз или союзное слово чаще находится у начала придаточной части, поэтому помогает заметить её границу. Но нельзя ставить запятые механически перед всяким что. Сравните: «Что случилось?» — простое вопросительное предложение, границы частей здесь нет. «Я спросил, что случилось» — сложноподчинённое предложение с двумя основами.
Придаточная часть перед главной
Если придаточная часть предшествует главной, запятая ставится после всей придаточной части: «Когда начался дождь, мы вернулись домой». Слова когда начался дождь целиком составляют зависимую часть. Запятая после одного слова когда разрушила бы её.
Другой пример: «Если ветер утихнет, лодка выйдет из бухты». Основы — ветер утихнет и лодка выйдет. Вопрос: выйдет при каком условии? Запятая стоит между законченными частями, а не между подлежащим и сказуемым.